Στο Τμήμα λειτουργεί το Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Έρευνα στη Γυναικεία Αναπαραγωγή» από το ακαδημαϊκό έτος 2007-2008, αρχικά σε σύμπραξη και εν συνεχεία από το ακαδημαϊκό έτος 2014-2015 σε συνεργασία με την Ιατρική Σχολή του ΕΚΠΑ.

Στο Τμήμα λειτουργεί, επίσης, το αυτόνομο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Προηγμένη και Τεκμηριωμένη Μαιευτική Φροντίδα» καθώς και το Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών “Εφαρμογές της Βιοϊατρικής Τεχνολογίας στην Υπογονιμότητα – Ανδρικός και Γυναικείος Παράγοντας“, που προέκυψε ύστερα από τη γόνιμη συνεργασία του Τμήματος Βιοϊατρικών Επιστημών της Σχολής Επιστημών Υγείας και Πρόνοιας του Πανεπιστημίου Δυτικής Αττικής, με το Τμήμα Μαιευτικής.